كانت القرية تنتصب على تل مشرف على سهل قاقون، وتطل مدينة طبرية عليها من جهة الجنوب الشرقي. وكانت سكة حديد طولكرم - حيفا تمر على بعد نصف كيلومتر إلى الشرق من قاقون، التي كانت طرق فرعية تصلها بطولكرم والقرى المجاورة الأُخرى. وكانت قاقون تعدّ موقعاً تاريخياً مهماً، يحتوي على قلعة بناها الصليبيون. وفي أثناء الحروب الصليبية، كانت تابعة لقيسارية وتعرضت لقدر كبير من الدمار. وقد عُرفت يومها بأسماء عدة منها: قاقو (Quaquo)؛ شاكو (Chaco)؛ كاكو (Caco). في سنة 1267، استولى عليها السلطان المملوكي بيبرس (1259-1277)، الذي أمر بإعادة بناء قلعتها، ورمّم كنيستها وحوّلها إلى جامع. ثم أُعيد فتح أسواقها. وما لبثت أن صارت مركزاً تجارياً، فيها خان
للتجار والمسافرين ورواحلهم. وقد جُدِّد بناء القلعة أيام المماليك، وغدت القرية محطة للبريد على طريق غزة – دمشق. وقد وصفها القلقشندي (توفي سنة 1418) بأنها 'مدينة لطيفة، غير مسورة. بها جامع وحمّام وقلعة لطيفة وشربها من ماء الآبار'.
في سنة 1596، كانت قاقون مركز ناحية قاقون (لواء نابلس) وعدد سكانها 127 نسمة. وكانت تؤدي الضرائب على عدد من الغلال كالقمح والشعير، بالإضافة إلى عناصر أُخرى من الإنتاج والمستغَلات كالماعز وخلايا النحل. في سنة 1799، هزمت قوات نابليون (Napoleon) الجنود العثمانيين الذين أُرسلوا إلى قاقون لصد تقدم الفرنسيين في اتجاه عكا. وقد دُمِّرت قاقون ثانية (كانت المرة الأولى على يد الصليبيين) على يد الجيش المصري بقيادة إبراهيم باشا، ابن محمد علي، في أثناء حملته على سورية (1831-1840)، لأن سكانها شاركوا في الثورة ضد مصر. في أواخر القرن التاسع عشر، كانت قاقون قرية كبيرة، مبنية حول البرج المركزي الباقي من القلعة الصليبية/ المملوكية. وكانت منازلها، المبنية بالحجارة والطين، تتفرق على سطح التل. وكان ثمة أراض زراعية في المنطقة المحيطة.
كان سكان قاقون من المسلمين، يصلّون في مسجد يتوسط القرية ويقع قريباً من السوق. وكانوا يتزودون مياه الشرب من الآبار. في زمن الانتداب البريطاني، أُنشئت مدرسة ابتدائية للبنين. أمّا الزراعة، فكانت تعتمد على البطيخ والخضروات (كالخيار) والزيتون والحمضيات والحبوب. في 1944/ 1945، كان ما مجموعه 713 دونماً مخصصاً للحمضيات والموز، و34376 دونماً للحبوب، و210 من الدونمات مروياً أو مستخدَماً للبساتين؛ منها 80 دونماً حصة الزيتون. وكانت آثار القلعة الصليبية/ المملوكية والمسجد المملوكي، فضلاً عن بقايا معمارية من أبنية أُخرى، تشاهَد في القرية.
وقعت قاقون ضحية غارة من نوع 'اضرب واهرب'، شنّتها عصابة الإرغون في 6 آذار/ مارس 1948، وذلك بحسب ما جاء في 'تاريخ الهاغاناه'؛ ولا يقدم هذا المصدر أية تفصيلات أُخرى، لكن صحيفة 'فلسطين' ذكرت وقوع غارة صبيحة 7 آذار/ مارس. قالت الصحيفة، نقلاً عن بلاغ أصدرته قوات المجاهدين الفلسطينيين، إن الوحدة الكبيرة المغيرة عجزت عن دخول القرية، وإنها ألقت بعض القنابل اليدوية التي جرحت امرأتين.
في أوائل أيار/ مايو، كانت القرية واحدة من أواخر القرى الساحلية الباقية في الشريط الممتد شمالي يافا. وقد اجتمع ضباط استخبارات الهاغاناه في 9 أيار/ مايو لتقرير مصيرها، فاتفقوا على 'إخلاء أو إخضاع' قاقون وبضع قرى أُخرى في السهل الساحلي؛ وذلك استناداً إلى سجلات الهاغاناه التي اطلع المؤرخ الإسرائيلي بني موريس عليها. لكنْ يبدو أن هذه الخطة لم تنفذ فوراً، لأن القرية احتُلَّت في الشهر التالي في أثناء هجوم شُنَّ للاستيلاء عليها تحديداً. فقبل أسبوع تقريباً من بداية الهدنة الأولى في الحرب، تبين للقيادة الإسرائيلية – فيما يبدو – أنها لا تملك القوات الكافية للاستيلاء على مدينة طولكرم؛ ولذلك حولت انتباهها إلى أهداف أصغر، مثل قرية قاقون.
ويذكر 'تاريخ حرب الاستقلال' أن القرية هوجمت ليل 4-5 حزيران/ يونيو 1948، وأن القوة المهاجمة كانت في معظمها من الكتيبة الثالثة التابعة للواء ألسكندروني. وقد بدأ الهجوم ذو الشعبتين بقصف شديد من مدافع الهاون والميدان، وجوبه بمقاومة وحدات الجيش العراقي المدافعة عن المشارف الشمالية للقرية. 'ومع بزوغ الفجر كان العراقيون لا يزالون موجودين في جزء من مواقعهم المحصنة... وحسم هجوم عنيف في وضح النهار المعركة' لمصلحة المهاجمين؛ وذلك استناداً إلى الرواية الإسرائيلية. وقد وصفت صحيفة 'نيويورك تايمز' المعركة بأنها 'من أدمى المعارك حتى ذلك التاريخ'، وذكرت أن المدافعين العراقيين كانوا اتخذوا مواقع لهم في ثلاثة خطوط من الخنادق خارج القرية مباشرة؛ 'وهناك تحديداً، دارت المعركة الحقيقية... رفض [العراقيون] التراجع، وظلوا يقاتلون لساعات عدة كمن به مسٌّ من الجنون. وتلاحم المتقاتلون، وتطاعنوا بالحراب والسكاكين، وتراشقوا بالقنابل اليدوية وحطموا الرؤوس بأعقاب البنادق.' وذكرت الرواية الرسمية الإسرائيلية أن الكتيبة العراقية (450 رجلاً) أُبيدت بكاملها في ذلك الاشتباك، وقدرت الخسائر الإسرائيلية بـ 12 قتيلاً. وقالت إن الجانبين استخدما القوات الجوية في المعركة. واستناداً إلى 'تاريخ حرب الاستقلال'، 'فشلت محاولات أُخرى لاحتلال قرى عربية [في هذه المنطقة].' إلاّ إن المناوشات استمرت حول قاقون أياماً عدة.