كانت القرية تنتصب على تل متطاول، ممتد على محور شمالي – جنوبي، ومحاط بالأودية من الجهات كلها باستثناء الشمال، وتقابل قريةصوبامن جهة الجنوب. وكانت إلى الشمال من طريق القدس – يافا العام، وتربطها طرق فرعية بخمس قرى مجاورة. في أواخر القرن التاسع عشر، كانت بيت نقُّوبا قرية مبنية على منحدر، وكان ثمة نبع في الجهة الجنوبية. كان للقرية شكل مستطيل، وكانت منازلها ومتاجرها الصغيرة مبنية في معظمها بالحجارة. وكان سكانها من المسلمين، ويتزودون مياه الشرب من نبع يقع في الطرف الشرقي من القرية. وكانوا يعنون بزراعة الزيتون والكرمة التي استنبتوها على نحو أساسي في الجهة الغربية من القرية وفي قعر الوادي، وكانوا يروون محاصيلهم من ينابيع القرية. وكان شجر الزيتون يغطي قسماً لا بأس فيه من الأرض، وتنمو النباتات البرية عند أسفل المنحدر. في 1944/ 1945، كان ما مجموعه 515 دونماً مخصصاً للحبوب، و303 دونمات مروية أو مستخدَمة للبساتين؛ منها 194 دونماً حصة الزيتون. وكانت خربة الخنازير، وخربة الرأس، تقعان في جوار القرية.
كل ما هو معلوم عن احتلال قرية بين نقُّوبا أنها احتُلَّت في أوائل نيسان/ أبريل 1948. ومعنى ذلك أنها سقطت في سياقعملية نحشون؛ وهي كبرى عمليات الهاغاناه حتى ذلك التاريخ. ونظراً إلى موقع بيت نقُّوبا، فإنه يبدو أنها احتُلَّت تقريباً وقت احتلالالقسطلوقالونيااللتين سُوِّيتا بالأرض بُعَيد احتلالهما. ويذكر موريس تاريخ الاستيلاء عليهما، لكنه يغفل مصير السكان.
يُستعمل بعض المنازل للسكن أو زرائب للحيوانات. وكانت هذه المنازل بُنيت بالحجارة، وكان للكثير منها سقوف مقببة. وقد انتُقي بعض الحجارة من أنقاض القرية واستُخدم عتبات لبعض المنازل اليهودية الجديدة. ويغطي شجر اللوز والزيتون ونبات الصبّار موقع القرية. في سنة 1962، أُنشئت قرية عربية مسماة بالاسم نفسه إلى الجنوب من موقع القرية الأصلي، وسُمح لبعض اللاجئين المهجَّرين من القرية القديمة بالإقامة فيها – وهذه ربما حالة فريدة في نوعها بين كل القرى التي احتُلَّت وهُجِّر سكانها. وتقع مقبرة القرية القديمة على بعد نصف كيلومتر إلى الجنوب من الموقع، ويعتني بها سكان القرية العرب الجدد.